Προστασία από τέτοιου είδους απειλές παρέχει η χρήση μηχανισμού ελεγχόμενης πρόσβασης των αρχείων και η αποφυγή μετάδοσης κάποιου ιού ή «σκουληκιού» στο σύστημα μέσω της εκτέλεσης κάποιου «μολυσμένου» προγράμματος. Οι χρήστες επομένως πρέπει να αποφεύγουν την εκτέλεση προγραμμάτων άγνωστης ή αμφιβόλου προελεύσεως που βρέθηκαν στα χέρια τους τυχαία, πιθανόν από κάποιο web site ή ανώνυμο ftp site, ή τους στάλθηκαν ως attachments μέσω του ηλεκτρονικού ταχυδρομείου (e-mail) από άγνωστους ή ανύπαρκτους χρήστες.

Στην περίπτωση που παρά την προσεκτική επιλογή των προγραμμάτων που εγκαθίστανται σε έναν υπολογιστή ο υπολογιστής αυτός προσβληθεί από κάποιον ιό υπάρχούν ειδικά «αντιβιοτικά» προγράμματα (antivirus) τα οποία μπορούν να ψάξουν σε όλους τους χώρους αποθήκευσης του υπολογιστή, να εντοπίσουν γνωστούς ιούς και να τους σβήσουν. Πολλά μάλιστα από αυτά τα προγράμματα μπορούν να ελέγχουν συνεχώς τον υπολογιστή κατά την ώρα εργασίας και να ειδοποιήσουν μόλις εντοπίσουν κάποιο προγραμματιστικό κώδικα ιού ώστε να είναι δυνατή η έγκαιρη θεραπεία» του υπολογιστή πριν δράσει ο ιός και προσβάλλει τις πληροφορίες που είναι αποθηκευμένες. Τέτοια προγράμματα είναι το Νοrtοη Aηtivirus που είναι αγορασμένο από το Κέντρο Υπολογιστών του Πανεπιστημίου, το McAfee VirusScan που διατίθεται σε διάφορα Web sites (π.χ. http://www.tucows.gr) και αλλού.

Βέβαια, τα προγράμματα αυτά μπορούν να ανιχνεύσουν μόνο γνωστούς ιούς, δηλαδή ιούς που έχουν κάνει την εμφάνισή τους παλαιότερα και έχουν καταγραφεί, ενώ είναι ανίσχυρα εναντίον νέων πρωτοεμφανιζόμενων ιών. Για αυτό το λόγο οι εταιρείες που τα κατασκευάζουν διαθέτουν συνεχώς στους χρήστες τους αναβαeμίσεις ώστε να μπορούν τα προγράμματα αυτά να προστατεύουν και από τους ιούς που έκαναν την εμφάνισή τους πρόσφατα.