Οι φάκελοι (folders) μπορούν να περιέχουν αρχεία (προγραμμάτων και εγγράφων) καθώς και άλλους (υπο)φακέλους. Ενα παράθυρο φακέλου παρουσιάζει τα περιεχόμενα του φακέλου. Για να ανοίξετε έναν υποφάκελο, απλώς διπλοπατάτε στο εικονίδιό του μέσα στο παράθυρο του φακέλου. Εάν θέλετε να χρησιμοποιήσετε την γραμμή εργαλείων σε ένα παράθυρο φακέλου, ενεργοποιείτε την εμφάνισή της επιλέγοντας View -> Toolbar:

Ενώ έχετε τα περιεχόμενα ενός φακέλου ορατά στην οθόνη (είτε από το παράθυρο του φακέλου είτε από τον Explorer) είναι πιθανό τα περιεχόμενα αυτά να αλλάξουν από ενέργειες π.χ. που κάνετε σε άλλο παράθυρο. Για να “ανανεώσετε” την εμφάνιση των περιεχομένων του φακέλου, ώστε αυτή να ανταποκρίνεται σε οποιεσδήποτε τυχόν αλλαγές, επιλέγετε View -> Refresh.